Nieuwkerke (Frans: Neuve-Eglise) is een dorp in de Belgische provincie West-Vlaanderen en een deelgemeente van Heuvelland. Het is de zuidelijkste deelgemeente van Heuvelland, tegen de grens met Frankrijk en Wallonië. In het zuiden van de gemeente liggen de grensgehuchtjes De Seule en Romarin. Op de heuvel van het huidige Nieuwkerke kwam zeer vroeg een nederzetting tot stand, gelegen langs de heirweg die over Terenburg, Kassel, Belle, Mesen en verder over Wervik liep.
Doordat de Noormannen in de 9e eeuw het kustgebied onveilig maakten, vluchtten de meeste kustbewoners naar deze bosachtige streek. Bij het begin van de 11e eeuw werd de toenmalige kapel tot een kerk verbouwd met de hulp van de monniken van de abdij Sint-Jan-ten-Berg. De parochiekerk, die op 15 augustus 1080 door de Bisschop van Terwaan werd ingewijd, was in romaanse stijl opgetrokken met een toren op het kruispunt van de beuken.
Ze was gemaakt in ijzersteen die in de streek zelf werd opgegraven. De bisschop was verheugd dat zijn bisdom met een nieuwe christelijke gemeenschap en een ‘nieuwe kerk’ werd verrijkt. Zo kreeg het landgoed de benaming ‘Neo-Ecclesia’ of ‘Nieuwe-Kerk’. In de middeleeuwse bloeiperiode wedijverde de gemeente, met zowat 10.000 inwoners, met Ieper.
Als industriële agglomeratie was Nieuwkerke in de 16e eeuw een brandpunt van radicaal calvinisme, dat fel werd bestreden door de autoriteiten. Alleen al op 31 mei 1568 werden in Nieuwkerke 82 calvinisten veroordeeld, meestal bij verstek. VZW Geuzenproject houdt om de twee jaar de herinnering aan deze periode levendig met een theaterwandeling.
Door de godsdienstoorlogen kwam de lakennijverheid in een impasse terecht. In 1582 woedde een stadsbrand. Veel lakenwevers weken daarna uit naar Engeland. In 1608 was het stadhuis herbouwd. De nijverheid legde zich toe op de productie van baai, terwijl daarna ook de vlas- en linnennijverheid weer tot bloei kwam. In 1647 werd het stadhuis en de lakenhal opnieuw verwoest, nu door de Fransen. In 1648 werd een nieuwe lakenhal opgericht, welke echter in 1844 werd afgebroken.